Das Institut ist als gemeinnütziger Verein politisch unabhängig und handelt aus eigener Initiative.
Es wird aus dem Bundeshaushalt des Bundesministeriums der Justiz, des Auswärtigen Amtes und des Bundesministeriums für wirtschaftliche Zusammenarbeit und Entwicklung finanziert.
Die inhaltlichen Richtlinien der Arbeit werden von einem Kuratorium festgelegt, das aus Vertretern und Vertreterinnen von Zivilgesellschaft, Wissenschaft, Medien und Politik zusammengesetzt ist.

Den Vorstand des Instituts bilden Prof. Dr. Heiner Bielefeldt (Direktor) und Frauke Seidensticker (stv. Direktorin).